Nach dem die Streitereien um Auflösung der Enzheimer Kirchengemeinde abgeklungen waren, festigte sich bei den Zurückgebliebenen das kirchliche Leben. 1889 schreibt Pfarrer Schuster in die Glauberger Pfarreichronik, er sei ersucht worden, am 30. September eine öffentliche kirchliche Fürbitte für Luise König aus Enzheim auszuüben. Luise König, die Tochter des Enzheimer Müllers Jacob König, wurde an diesem Tag nach "wohlbestandener Probezeit in Kaiserswerth am Rhein in das Diakonissenamt eingeführt." Pfarrer Schuster wünschte, "Gott wolle in Gnaden geben, daß diese erste Diakonisse aus dem hiesigen Kirchspiel bald Nachfolgerinnen hierselbst finden wird."

Nachdem die Pfarrbesoldung zentral von der Kirchenverwaltung aus gesteuert wurde, konnten auch pfarramtliche Zugehörigkeiten neu geregelt werden. Enzheim war ja seit 1855 politisch mit Lindheim verbunden. Von daher bot es sich an, es auch pfarramtlich mit Lindheim zu verbinden. So vollzog sich am Pfingstsonntag, dem 30. Mai 1903 unter dem Glauberger Pfarrer Georg Friedrich Schuster der Wechsel der pfarramtlichen Zugehörigkeit von Glauberg nach Lindheim. Am 14. Juni 1903 hielt der Lindheimer Pfarrer Ludwig Bär seinen ersten Gottesdienst in Enzheim. Von nun an fand in Enzheim alle vierzehn Tage nachmittags der Gottesdienst statt, außerdem am 2. Feiertag der großen Festtage (Weihnachten, Ostern, Pfingsten). Die Kinder werden in der Lindheimer Kirche konfirmiert; auch der Konfirmandenunterricht wird in Lindheim besucht. Im Laufe des Sommers mussten in Enzheim dann neue Kirchengemeindevertreter und Kirchenvorsteher gewählt werden. Es wurden Wilhelm Becker, Heinrich Zeitz, Johannes Schuhmacher, Konrad Schneider, Jakob Schneider 11., Franz Sommer und Heinrich Kröll als Gemeindevertreter, Jakob König VII. und Heinrich Becker als Kirchenvorsteher gewählt.

Wie überall in Deutschland so war auch in Enzheim das erste Jahrzehnt des 20. Jahrhunderts geprägt von einer stabilen, auf Tradition bauenden Kirche. Die kirchliche Arbeit setzte Schwerpunkte in vaterländisch geprägten Feiern und in Informationsabenden der Mission in Afrika und Asien. Übergemeindliche Missionsfeste wurden gefeiert, in den Gemeinden Vorträge über die Missionsarbeit gehalten. Da alle solche Veranstaltungen in Lindheim gehalten wurden, blieb Enzheim von kirchlichen Aktivitäten weitgehend unberührt.