"Das letzte Jahrzehnt des 16. Jahrhunderts brachte dem Hanau-Münzenberger Land eine zweite Reformation und mit ihr die Einführung vom lutherischen zum reformierten Bekenntnis. Sie beginnt in der Zeit der Vormundschaft über den Grafen Philipp Ludwig 11. (1580 bis 1596) und erreicht unter dessen Regierung 1596-1612 ihren Höhepunkt" (Reformationsbuch, W. Diehl, S. 544).

Systematisch wurde in den hessischen Gemeinden Bad Nauheim, Rumpenheim, Dorheim mit Schwalheim und Rödgen, Ober-Eschbach, Nieder-Eschbach, Steinbach, Rodheim vor der Höhe, Bleichenbach, Bergheim, Enzheim, Kloster Konradsdorf, Selters, Wippenbach und Gelnhaar sowie dem Gemeinschaftsort Bad Vilbel und Massenheim das reformierte Bekenntnis eingeführt.Nachdem zunächst in den Grafschaften Hanau-Münzenberg und Ysenburg mit der Einführung des reformatorischen Bekenntnisses begonnen worden war, wollten die Führer dieser zweiten Reformation auch im Landgericht Ortenberg das reformierte Bekenntnis

einführen, wovon auch Enzheim betroffen wurde. Dies begann 1599 nach dem Tod des lutherischen Ortenberger Pfarrers Ulrich Müller. Während von Stolberg sich bemühte, die Stelle wieder mit einem lutherischen Pfarrer zu besetzen, erhob gegen diese Absicht Philipp Ludwig von Hanau Einspruch. Er berief sich auf einen Vertrag von 1578, nach dem das Hanauer Haus ein Mitspracherecht bei der Besetzung der Ortenberger Pfarrstelle habe. Da sich die beiden Parteien nicht einigen konnten, kam es zu langen Verhandlungen, und erst am 10. Februar 1603 kam es zu einer Einigung, daß es jedwedem Herrn freigestellt und zugelassen werden soll, einen eignen Pfarrer in Ortenberg zu haben. Darauf besetzten die Stolberger die Pfarrstelle mit dem Effolderbacher Pfarrer Heinrich Fuchsius, die Hanauer aber mit dem bisherigen Roßdorfer Pfarrer Hermann Hubert. Die Bürger Ortenbergs konnten nun wählen, welchen Pfarrer sie wollten.

Während der Auseinandersetzungen mit Stolberg hat es Hanau betrieben, daß in den umliegenden Orten der reformierte Gottesdienst eingeführt wurde. 1600 wurde der Bleichenbacher Pfarrer Hermann Köhler beurlaubt; an seine Stelle kam ein reformierter Geistlicher. Im selben Jahr wurde angeregt, auch Düdelsheim zu reformieren. Weil aber auch in Düdelsheim anteilmäßig Stolberg vertreten war und dieser auf der lutherischen Lehre bestand, konnte nach dem Tod des dortigen Pfarrers die Stelle nicht mit einem reformierten Geistlichen besetzt werden. Trotz eines Einspruchs Stolbergs haben Hanau und Ysenburg beschlossen, im sonntäglichen Wechsel einmal einen reformierten, dann einen luthetischen Pfarrer predigen zu lassen. So wurde in Düdelsheim und in Glauberg, das damals pfarramtlich mit Düdelsheim verbunden war, im Wechsel lutherisch und reformiert gepredigt. Ein Ende dieses Zustandes brachte die Teilung des Ortenberger Landgerichts. Im Vertrag vom 9. Mai 1601 wurde beschlossen, daß Jede Herrschaft die Kirchenbestellung ... in ihrem zuerteilten Loß vor voll ohne Eintrag allein haben solle."

Enzheim wurde in dieser Zeit von Glauberg aus betreut, was stolbergischer Besitz und somit lutherisch war. Dadurch wurde der kleine Ort nicht so sehr in diese Auseinandersetzungen mit einbezogen. Damit aber Stolberg daraus keinen Rechtsanspruch auf Enzheim ableiten konnte, wurde auf Initiative Hanaus Enzheim 1689 kirchlich von Glauberg getrennt und dem lutherischen Lindheim angegliedert.

Doch kamen zunächst in der Mitte des 17. Jahrhunderts die Wirren des 30jährigen Krieges. In ganz Deutschland führte dies zu einer Verrohung der Sitten und zu einem kulturellen Niedergang. So beschreibt der Amtmann Eyfried aus Ortenberg im Jahre 1685 den schlechten Zustand der Enzheimer Kirche: "Mit der Kirche zu Enzheim geht es, daß es eine Schande ist." Er habe das Dorf als Pfand bekommen. In diesen Jahren von 1653 bis 1656 sei vom Kirchenbaumeister keine Rechnung vorgelegt worden. "Ich habe so oft getrieben und gemahnt, daß auch des Kirchenbaumeisters Weib die Tränen darüber häufig vergossen. Aber es hat alles nichts helfen wollen. Was etwa um einen Gulden (an Grundstücken) hätte verlehnt werden können, hat der Eidam des Kirchenbaumeisters um 10 oder 12 Albus holen müssen. Wenn nebenst den Gefällen alle Jahre nur zwei Bäume aus dem Wald, deren doch wohl das Jahr zehn bis zwölf verfressen oder versoffen worden, zu diesem heiligen Zweck angewendet worden wären, wogegen kein Mensch etwas gehabt hätte, so hätte die Kirche ein feines Ansehen, würde auch deren Eingang (Einsturz) niemand erleben werden. Aber wie ich vernehme, wird von deren Einfall, welches wohl Sünd und Schande, bald genugsam zu hören sein. Und wenn der Baumeister die Kirche bis anhero geachtet hätte, sollte er nicht wenigstens die Türe verwahrt haben, daß nicht Pferde, Schweine, Schafe und anderes Vieh einen Stall daraus gemacht hätten. Der Kirchgarten ist die Pferdeweide gewesen und Behälter für des Schäfers kranke Schafe und wenn es geregnet, war die Kirche ihr Stall" (Heimatblätter 3/8 1940).